장애인 고용부담금, 대법원이 손금으로 인정했습니다 — 경정청구 기한과 요건

결론부터.

대법원은 2026년 3월 12일, 장애인 고용부담금이 구 「법인세법」 제21조 제5호의 「제재로서 부과되는 공과금」에 해당하지 않는다고 판단했습니다(2024두30809, 2025두35058). 손금불산입 대상이 아니므로 손금에 산입됩니다.

2018년 이후 기획재정부 유권해석에 따라 장애인 고용부담금을 손금불산입으로 세무조정해 온 법인은 「국세기본법」 제45조의2에 따른 경정청구를 검토할 수 있습니다. 다만 세 가지를 먼저 확인해야 합니다.

• 기한 — 법정신고기한이 지난 후 5년입니다. 12월 결산 법인이면 2021 사업연도분이 2027년 3월 31일에 끝납니다.
• 개정 — 2024년 12월 31일 「법인세법」 제21조 제5호가 개정되었습니다. 개정 후 조문이 적용되는 분은 결론이 달라질 수 있습니다.
• 금액 — 손금산입액이 그대로 환급으로 이어지지 않습니다. 최저한세와 세액공제가 연동되어 움직입니다.

(기준일 2026년 10월 11일)

왜 지금까지 손금불산입으로 처리해 왔나

「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조는 상시 100명 이상 근로자를 고용하는 사업주가 의무고용률에 미달하면 부담금을 납부하도록 정합니다.

이 부담금을 손금으로 볼 수 있는지가 오래 다투어졌습니다. 「법인세법」 제21조 제5호가 **「법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금」**을 손금불산입 대상으로 정하고 있었기 때문입니다.

과거에는 예규로 손금을 인정한 사례도 있었으나, 2018년 2월 기획재정부 유권해석 이후 손금불산입으로 처리하는 것이 실무가 되었습니다. 조세심판원도 같은 입장을 유지해, 2026년 2월까지도 같은 쟁점의 심판청구가 계속 기각되었습니다. 대법원 판단이 나오기 전이었기 때문입니다.

대법원이 판단한 것 — 같은 날 두 건입니다

2026년 3월 12일, 대법원은 같은 쟁점에 대해 두 건을 함께 선고했습니다.

• 2025두35058 (제2부) — 2018~2021년도분
• 2024두30809 (제3부) — 2019~2020년도분

두 판결 모두 장애인 고용부담금이 구 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금에는 해당하지만, 「제재로서」 부과되는 것으로는 볼 수 없다고 판단했습니다. 판단의 축은 세 가지입니다.

① 조세법률주의에 따른 엄격해석 — 제21조 제5호는 손금산입의 예외 규정입니다. 조문은 「제재로서」라고 쓰고 있고, 예외 규정은 문언을 넘어 확장해석할 수 없습니다.

② 사업경비로서의 성격 — 부담금의 재원은 장애인 고용촉진과 직업재활 사업에 쓰입니다. 제재를 가하는 것보다 재원을 조성하는 데 목적이 있습니다.

③ 고의·과실을 묻지 않습니다 — 벌금·과태료는 위반자의 고의·과실을 전제로 합니다. 장애인 고용부담금은 미달 인원에 부담기초액을 곱해 일률적으로 산정되고, 채용 노력 여부를 따지지 않습니다. 제재라면 있어야 할 요소가 없다는 것입니다.

2024년 12월 31일에 조문이 바뀌었습니다

이 사안에서 가장 놓치기 쉬운 지점입니다. 「법인세법」 제21조 제5호는 2024년 12월 31일 개정되었습니다.

• 개정 전 — 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금
• 개정 후 — 위반을 이유로 부과되는 공과금

「제재로서」가 「이유로」로 바뀌었습니다. 대법원이 손금산입이라고 본 근거가 바로 그 「제재로서」라는 문언이었습니다. 그 말이 빠지면 같은 논리가 그대로 적용되지 않습니다.

기획재정부는 개정 후 조문이 적용되는 분에 대해서는 손금불산입 대상이라는 취지로 해석하고 있습니다. 즉 이번 판결은 개정 전 조문이 적용되는 사업연도에 관한 것입니다. 과거분 경정청구에는 그대로 쓸 수 있지만, 앞으로의 세무조정은 달라질 수 있습니다.

경정청구 기한 — 사업연도별로 끝나는 날이 다릅니다

「국세기본법」 제45조의2 제1항은 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정을 청구할 수 있도록 정합니다. 12월 결산 법인 기준입니다.

2019·2020 사업연도분은 이미 기한이 지났습니다. 대법원 판결이 2026년 3월 12일에 나왔으므로, 2020년분은 판결 직후 3주도 남지 않은 상태였습니다. 가장 먼저 닫히는 사업연도부터 준비해야 합니다.

결손 사업연도는 근거 조항이 다릅니다

환급받을 세액이 없는 사업연도도 경정청구 대상입니다. 다만 근거 조항이 달라집니다. 신고한 결손금액이 신고하여야 할 결손금액에 미치지 못할 때는 제45조의2 제1항 제2호를 근거로 해야 합니다. 1호(과세표준·세액 초과신고)로 쓰면 초과 납부한 세액이 없어 청구 자체가 부적법해질 수 있습니다.

청구취지도 결손금을 얼마로 경정해 달라는 형태여야 하고, 그 금액이 종전 신고 결손금보다 커야 합니다.

손금산입액과 환급세액은 같지 않습니다

실무에서 가장 자주 어긋나는 지점입니다. 손금산입으로 과세표준이 줄면 산출세액이 줄어듭니다. 그런데 그 다음 줄이 움직입니다.

「조세특례제한법」 제132조의 최저한세는 과세표준에 연동됩니다. 과세표준이 줄면 최저한세도 줄고, 그 한도에 묶여 있던 세액공제가 함께 깎입니다. 그래서 환급액은 이렇게 닫혀야 합니다.

산출세액 감소 − 공제·감면세액 감소 = 차감납부할 세액 감소 = 환급세액

환급률이 법인세율보다 낮게 나온다면 최저한세가 작용하고 있다는 신호입니다.

공제·감면세액이 줄면 농어촌특별세도 움직입니다. 다만 깎인 세액공제가 어느 조문의 것인지에 따라 방향이 갈립니다. 연구·인력개발비 세액공제(조특법 제10조)는 농어촌특별세 비과세, 고용증대·통합고용 세액공제(제29조의7·제29조의8)는 과세입니다. 공제·감면세액 합계가 줄었다고 농어촌특별세도 당연히 줄어드는 것은 아닙니다. 공제감면세액합계표·최저한세조정계산서·농어촌특별세 신고서를 함께 펴 놓고 확인해야 합니다.

지금 확인할 것

1. 세무조정계산서의 해당 라인 — 소득금액조정합계표의 세금과공과(장애인고용부담금) 익금산입 또는 손금불산입 라인입니다. 그 금액이 청구 대상입니다.
2. 납부고지서로 금액 대조 — 내부 정리표의 숫자와 납부고지서상 법정부담금이 다른 경우가 있습니다.
3. 선행 경정청구·수정신고 확인 — 같은 사업연도에 다른 대리인이 이미 청구해 두었으면 「경정 전」 숫자가 달라집니다. 홈택스 처리현황으로 교차 확인합니다.
4. 연동 항목 확인 — 부담금을 손금에 산입하면 기부금 손금산입 한도의 기준 소득금액이 줄어, 기부금 손금산입액도 함께 줄어듭니다.
5. 기한 역산으로 일정 수립 — 12월 결산 법인이면 2021 사업연도가 2027년 3월 31일입니다.

자주 묻는 질문

상시 근로자가 100명이 안 되는데 해당되나요? 「장애인고용촉진 및 직업재활법」 제33조 제1항은 상시 100명 미만 근로자를 고용하는 사업주를 제외합니다. 부담금을 납부한 사실이 없다면 이번 쟁점과 관계가 없습니다.

결손이어서 낸 세금이 없는데 청구할 실익이 있나요? 환급은 없지만 결손금이 늘어납니다. 그 결손금은 이후 사업연도에서 공제됩니다. 다만 제45조의2 제1항 제2호를 근거로, 결손금 경정을 구하는 형태로 청구해야 합니다.

2025 사업연도 세무조정은 어떻게 해야 하나요? 2024년 12월 31일 개정된 조문이 적용되는 범위에서는 손금불산입으로 보는 것이 현재의 해석입니다. 이번 판결은 개정 전 조문에 관한 것이므로 그대로 적용하기 어렵습니다. 개별 사업연도에 어느 조문이 적용되는지는 부담금의 납부 시기와 함께 확인해야 합니다.

다원세무회계는 장애인 고용부담금 손금산입에 따른 법인세 경정청구를 검토하고 대리합니다. 세무조정계산서와 납부고지서를 보면 대상 사업연도와 금액을 확인할 수 있습니다.

경기도 수원시 영통구 도청로18번길 26, 343호 (광교중앙역 도보 5분) 전화 031-992-1100 · 카카오톡 채널 이고은 대표세무사가 직접 검토합니다.

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