연말정산 결과 추가 납부가 나왔다면 — 이유를 찾는 법

결론부터.

연말정산에서 세금을 더 내라고 나오는 이유는 대부분 세 가지 중 하나입니다. ① 1년 동안 매달 덜 뗐거나 ② 받을 수 있는 공제가 빠졌거나 ③ 두 곳 이상에서 급여를 받았기 때문입니다.

연말정산은 1년 치 세금을 다시 계산해서, 매달 미리 뗀 세금과 맞춰 보는 일입니다(「소득세법」 제137조 제1항). 미리 뗀 돈이 적었으면 차액을 더 내고, 많았으면 돌려받습니다. 그래서 추가 납부가 꼭 잘못된 결과는 아닙니다. 다만 공제 누락이 원인이라면 지금이라도 바로잡을 수 있습니다.

(기준일 2026년 10월 24일)

원인 ① 매달 떼는 비율 — 80%·100%·120%

회사는 매달 급여를 줄 때 근로소득 간이세액표에 따라 세금을 뗍니다. 이때 직원이 신청하면 간이세액표 금액의 **80% 또는 120%**로 뗄 수 있습니다(「소득세법 시행령」 제194조 제1항).

80%를 골랐다면 1년 동안 덜 뗀 만큼 연말정산에서 한 번에 내게 됩니다. 세금이 늘어난 것이 아니라 내는 시기가 뒤로 밀린 것입니다.

비율은 「소득세 원천징수세액 조정신청서」를 회사에 내면 바꿀 수 있습니다. 낸 날 이후 지급하는 급여부터 적용되고, 그해 말까지 이어집니다(같은 시행령 제194조 제3항·제4항). 지금(10월) 바꾸면 남은 두세 달 급여에만 반영됩니다.

원인 ② 공제가 빠졌다

공제신고서를 내지 않은 직원은 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용해 정산합니다(「소득세법」 제137조 제3항). 자료를 늦게 냈거나 일부만 냈다면 추가 납부가 커질 수 있습니다.

자주 빠지는 항목은 이렇습니다.

빠진 공제는 나중에 바로잡을 수 있습니다. 근로소득만 있는 직원은 다음 해 5월 종합소득세 확정신고 때 공제를 더해 신고할 수 있습니다(「소득세법」 제70조 제1항). 그 기간도 지났다면 연말정산 세액의 납부기한이 지난 날부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다(「국세기본법」 제45조의2 제1항·제5항). 청구를 받은 세무서는 2개월 안에 결과를 알려야 합니다(같은 조 제3항).

원인 ③ 두 곳에서 급여를 받았다 (이중근로)

두 회사에서 동시에 급여를 받으면, 각 회사는 자기 회사 급여만 보고 세금을 뗍니다. 특히 종된 근무지는 본인 기본공제와 표준세액공제만 있는 것으로 보고 뗍니다(「소득세법 시행령」 제194조 제2항). 그런데 세율은 두 급여를 합친 금액에 매겨지므로, 합쳐서 다시 계산하면 세금이 늘어나는 경우가 많습니다.

5월 신고를 놓치면 가산세가 붙을 수 있습니다. 두 곳에서 급여를 받았다면 연말정산 전에 미리 주된 근무지에 알리는 것이 가장 간단합니다.

추가 납부액이 크다면 — 나눠 낼 수 있습니다

추가 납부세액이 10만원을 넘으면 회사는 다음 해 2월분부터 4월분 급여까지 나누어 뗄 수 있습니다(「소득세법」 제137조 제4항). 한 달 급여에서 한꺼번에 빠지는 것이 부담되면 회사 담당자에게 분납을 요청해 보세요.

다원의 시각

추가 납부가 나오면 먼저 **원천징수영수증의 「기납부세액」과 「결정세액」**을 보시길 권합니다. 결정세액이 예년과 비슷한데 기납부세액이 줄었다면 매달 떼는 비율 문제이고, 결정세액 자체가 늘었다면 공제 누락이나 소득 합산을 의심해 볼 차례입니다.

회사 입장에서는 연말정산 결과가 직원 불만으로 이어지기 쉽습니다. 1월에 공제자료를 받을 때 두 곳 근무 여부, 중도 입사자의 전 직장 영수증, 부양가족 중복을 먼저 확인하면 정산 후 다시 고치는 일을 줄일 수 있습니다.

연말정산 추가 납부, 원인부터 함께 찾아 드립니다

원천징수영수증과 공제자료를 보고 빠진 공제와 합산 누락을 검토해 드립니다. 회사 담당자를 위한 연말정산 업무도 맡아 처리합니다.

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자주 묻는 질문

작년엔 환급받았는데 올해는 왜 더 내라고 하나요? 급여가 오르거나 매달 떼는 비율이 바뀌었거나, 작년에 받던 공제(부양가족·의료비 등)가 올해 빠졌을 수 있습니다. 두 해의 원천징수영수증을 나란히 놓고 비교하면 원인이 보입니다.

80%로 바꾸면 세금이 줄어드나요? 줄지 않습니다. 매달 덜 떼는 만큼 연말정산 때 더 내게 됩니다. 1년 세금 총액은 같고, 내는 시기만 달라집니다.

연말정산 때 빠뜨린 공제, 이미 끝났는데 방법이 있나요? 있습니다. 다음 해 5월 종합소득세 확정신고 때 반영하거나, 그 뒤라도 5년 안에는 경정청구를 할 수 있습니다.

아르바이트를 하나 더 했는데 회사에 말해야 하나요? 두 곳 모두 일용직이 아닌 근로소득이라면 합산 정산 대상입니다. 회사에서 합쳐 정산하지 않으면 다음 해 5월에 직접 종합소득세를 신고해야 합니다.

추가 납부액을 한 번에 내기 어려워요. 10만원을 넘으면 2월~4월 급여에서 나누어 낼 수 있습니다. 회사 담당자에게 분납을 요청하세요.

이고은 대표세무사
다원세무회계 대표 | 법인세·양도소득세·상속증여세 전문
다원세무회계 광교본점 — 수원 경리아웃소싱 · 원천세 아웃소싱 · 기장 · 상속증여세 상담
경기도 수원시 영통구 도청로18번길 26, 343호 (광교중앙역 도보 5분) · ☎ 031-992-1100

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