결론부터.
원천세를 실제보다 많이 떼었거나, 연말정산 때 받을 수 있던 공제를 빠뜨렸다면 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 기한은 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내입니다(「국세기본법」 제45조의2 제1항·제5항).
청구는 회사(원천징수의무자)도, 돈을 받은 직원·프리랜서(원천징수대상자)도 할 수 있습니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결과를 알려야 합니다(같은 조 제3항).
반대로 덜 뗀 것은 수정신고로 고칩니다. 두 절차는 방향이 다릅니다.
(기준일 2026년 10월 23일)
더 냈을 때와 덜 냈을 때 — 절차가 다릅니다
| 경정청구 | 수정신고 | |
|---|---|---|
| 언제 | 세금을 더 냈을 때 (과다 원천징수, 공제 누락) | 세금을 덜 냈을 때 (소득 누락 등) |
| 결과 | 세무서가 검토해 환급 여부를 결정 | 스스로 고쳐 신고하고 추가 납부 |
| 기한 | 납부기한이 지난 후 5년 이내 | 세무서가 결정·경정해 통지하기 전까지 |
| 근거 | 「국세기본법」 제45조의2 | 「국세기본법」 제45조, 같은 법 시행령 제25조 |
수정신고 사유에는 원천징수의무자가 정산 과정에서 근로소득자 등의 소득을 누락한 것이 따로 들어 있습니다(「국세기본법」 시행령 제25조 제2항 제1호). 연말정산에서 직원의 다른 소득이나 급여 일부를 빠뜨렸다면 이쪽입니다.
이런 경우 경정청구를 검토합니다
| 상황 | 예 |
|---|---|
| 연말정산 공제 누락 | 부양가족·의료비·기부금·월세 등을 회사에 내지 못한 경우 |
| 소득 구분 착오 | 사업소득(3%)으로 처리할 것을 다른 세율로 뗀 경우 |
| 금액 착오 | 지급액을 잘못 입력해 세금을 많이 뗀 경우 |
| 이미 퇴사한 직원 | 퇴사 때 정산한 공제가 빠진 경우 |
연말정산을 하면서 이미 낸 세금이 많았다면, 그해 연말정산 환급은 회사가 내야 할 원천세에서 조정해 환급하는 것이 원칙입니다(「소득세법 시행령」 제201조). 연말정산이 끝난 뒤에 누락을 발견했다면 그때부터는 경정청구로 갑니다.
기한 5년, 어디서부터 세나요
5년은 연말정산세액(또는 원천징수세액)의 납부기한이 지난 후부터 셉니다(「국세기본법」 제45조의2 제5항).
| 단계 | 내용 |
|---|---|
| 연말정산 | 다음 해 2월분 급여를 지급할 때 정산 (「소득세법」 제137조 제1항) |
| 납부기한 | 원천징수한 달의 다음 달 10일 (「소득세법」 제128조 제1항) — 연말정산분은 보통 3월 10일 |
| 경정청구 기한 | 그 납부기한이 지난 후 5년 이내 |
예를 들어 2021년 귀속 연말정산이라면 2022년 3월 10일 납부기한이 기준입니다. 해마다 가장 오래된 1년 치가 기한에서 빠지므로, 누락이 의심되면 오래된 연도부터 확인하는 것이 좋습니다.
누가, 어디에 청구하나요
회사가 청구하는 것이 기본입니다. 원천징수의무자가 지급명세서를 제출기한까지 냈다면 경정청구를 할 수 있습니다(「국세기본법」 제45조의2 제5항).
직원 본인도 할 수 있습니다. 같은 조항은 원천징수대상자도 청구할 수 있다고 정합니다. 근로소득만 있는 직원은 5월 종합소득세 확정신고(「소득세법」 제70조 제1항)로 빠진 공제를 반영하는 방법도 있습니다. 근로소득만 있으면 확정신고를 「하지 아니할 수 있다」는 것이지, 해서는 안 된다는 뜻은 아닙니다(「소득세법」 제73조 제1항).
청구서에는 고치기 전과 고친 후의 과세표준·세액, 청구 이유를 적습니다(「국세기본법 시행령」 제25조의3 제1항). 세무서가 보정을 요구하면 30일 이내의 기간을 정해 요청하며, 이 기간은 2개월 처리기간에 넣지 않습니다(같은 조 제6항).
다원의 시각
원천세 경정청구에서 시간이 가장 많이 드는 일은 신청서가 아니라 증빙을 다시 모으는 일입니다. 몇 년 전 의료비 영수증, 부양가족 관계 서류, 지급 내역을 찾다 보면 기한이 성큼 다가옵니다.
그래서 연말정산이 끝난 직후, 직원들에게 「빠진 공제가 있으면 알려 달라」고 한 번 묻는 절차를 두시길 권합니다. 누락을 그해에 발견하면 다음 해 정산이나 5월 확정신고로 정리할 수 있고, 몇 년 뒤 경정청구로 한꺼번에 고치는 일을 줄일 수 있습니다.
또 하나, 경정청구는 회사가 낸 신고 전체를 다시 들여다보게 만듭니다. 더 낸 부분만이 아니라 덜 낸 부분이 함께 보이면 수정신고도 같이 검토해야 합니다. 한쪽만 고치면 나중에 다른 쪽이 문제가 될 수 있습니다.
| 기준일 | 2026년 10월 23일 |
|---|---|
| 시행상태 | 현행 세법 기준입니다(국세기본법 2026.10.2. 시행판, 소득세법 2026.7.1. 시행판). 2028년 1월 1일 시행 예정인 국세기본법 개정판에서도 경정청구 기한(5년)은 같습니다. |
| 근거 | 「국세기본법」 제45조, 제45조의2 제1항·제3항·제5항, 같은 법 시행령 제25조 제2항, 제25조의3, 「소득세법」 제70조 제1항, 제73조 제1항, 제128조 제1항, 제137조 제1항, 같은 법 시행령 제201조 |
| 주의 | 환급 여부와 금액은 관할 세무서가 증빙을 검토해 결정합니다. 개별 사안의 공제 요건 충족 여부, 기한 계산은 지급 내용과 귀속연도에 따라 달라집니다. |
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자주 묻는 질문
퇴사한 직원이 예전 연말정산 공제를 빠뜨렸다고 연락해 왔습니다. 회사가 해 줘야 하나요? 회사가 경정청구를 할 수 있고, 직원 본인도 직접 청구할 수 있습니다. 납부기한이 지난 후 5년 이내라면 퇴사 여부와 관계없이 검토할 수 있습니다.
작년 연말정산 때 부모님 의료비를 못 냈어요. 내년 연말정산 때 같이 넣으면 되나요? 의료비는 지출한 해의 공제입니다. 작년 것은 작년 귀속으로 고쳐야 하므로 5월 종합소득세 확정신고나 경정청구로 반영합니다.
경정청구를 하면 세무조사가 나오나요? 경정청구는 법에 정해진 납세자의 권리입니다. 다만 세무서가 청구 내용을 검토하면서 증빙을 요구할 수 있으므로, 근거 서류를 갖춰 청구하는 것이 중요합니다.
환급은 언제 받나요? 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결과를 알려야 합니다. 보정 요구를 받으면 그 보정기간은 2개월에 들어가지 않습니다.
3.3% 떼어야 할 프리랜서 용역비에서 더 많이 뗐습니다. 어떻게 하나요? 더 뗀 원천세는 경정청구 대상입니다. 회사가 청구할지, 받은 분이 5월 종합소득세 신고에서 정산할지는 상황에 따라 정합니다.
이고은 대표세무사
다원세무회계 대표 | 법인세·양도소득세·상속증여세 전문
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