결론부터.
회사의 연말정산은 2월분 급여를 줄 때 합니다(「소득세법」 제134조 제2항, 제137조 제1항). 직원은 그 전에 공제신고서를 회사에 내야 하고(같은 법 제140조 제1항), 회사는 정산한 세금을 3월 10일까지 신고·납부하고 근로소득 지급명세서도 3월 10일까지 제출합니다(같은 법 제128조 제1항, 제164조 제1항).
담당자가 할 일은 세 가지로 정리됩니다. 1월에 자료를 모으고, 2월에 정산하고, 3월 10일까지 신고와 명세서 제출을 마치는 것입니다.
(기준일 2026년 10월 22일)
1월~3월, 한눈에 보는 일정표
| 시기 | 담당자가 할 일 | 근거 |
|---|---|---|
| 1월 초 | 직원에게 연말정산 안내문 발송 (준비 서류·제출 기한 안내) | — |
| 1월 중순 | 국세청 간소화 자료가 열리면 직원별로 내려받도록 안내 | 「소득세법」 제165조 |
| 1월 말 ~ 2월 초 | 공제신고서와 증빙 수집, 부양가족·중복공제 확인 | 「소득세법」 제140조 제1항 |
| 2월 급여 지급 전 | 직원별 정산 결과 확정, 결과표 배포·확인 | 「소득세법」 제137조 제1항 |
| 2월 급여 지급 시 | 환급액은 급여에 더하고, 추가 납부액은 급여에서 떼기 | 「소득세법」 제137조 제1항·제2항 |
| 3월 10일 | 원천세 신고·납부 (2월 정산분 포함) | 「소득세법」 제128조 제1항 |
| 3월 10일 | 근로소득 지급명세서 제출 | 「소득세법」 제164조 제1항 |
간소화 자료가 열리는 정확한 날짜는 매년 국세청이 공지합니다. 1월 초 안내문을 보낼 때 그해 공지를 확인해 함께 알려 주시면 됩니다.
1월 — 자료 수집에서 놓치기 쉬운 것
국세청 간소화 자료는 병원·학교·금융회사 등이 국세청에 낸 자료입니다(「소득세법」 제165조 제1항). 편리하지만 모든 공제 자료가 다 들어 있지는 않습니다.
| 확인할 것 | 왜 확인하나 |
|---|---|
| 공제신고서 제출 여부 | 내지 않은 직원은 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용해 정산합니다(「소득세법」 제137조 제3항) |
| 부양가족 중복 | 형제가 같은 부모님을 함께 올리면 한 쪽은 나중에 수정해야 합니다 |
| 간소화에 없는 자료 | 안경 구입비, 교복비, 일부 기부금·월세처럼 직원이 따로 챙겨야 하는 자료가 있습니다 |
| 올해 입사한 직원 | 이전 회사의 근로소득 원천징수영수증을 받아 합산해야 합니다 |
| 의료비·교육비 대상자 | 누구를 위해 쓴 돈인지(본인·배우자·자녀·부모님) 직원에게 확인합니다 |
간소화 자료는 직원 본인이 내려받아 회사에 내는 것이 원칙입니다. 이 자료는 과세 목적 외에는 쓸 수 없으므로(「소득세법」 제165조 제2항) 받은 파일의 보관과 폐기도 함께 관리해 주세요.
2월 — 정산 결과, 환급과 추가 납부
정산 결과는 직원마다 둘 중 하나입니다. 1년 동안 매달 뗀 세금이 많았으면 환급, 적었으면 추가 납부입니다.
| 결과 | 회사가 하는 일 | 근거 |
|---|---|---|
| 환급 | 2월 급여에 더해 직원에게 돌려줍니다. 회사가 낼 원천세에서 빼고 내는 방식으로 처리합니다 | 「소득세법」 제137조 제2항, 같은 법 시행령 제201조 제1항 |
| 환급할 금액이 낼 원천세보다 큰 경우 | 남는 금액은 세무서에 환급을 신청합니다 | 「소득세법 시행령」 제201조 제2항 |
| 추가 납부 | 2월 급여에서 떼어 냅니다 | 「소득세법」 제137조 제1항 |
| 추가 납부 10만원 초과 | 2월~4월 급여에 나누어 뗄 수 있습니다 | 「소득세법」 제137조 제4항 |
추가 납부가 크게 나온 직원에게는 분납을 먼저 안내해 주세요. 2월 급여만 갑자기 줄어 당황하는 일을 줄일 수 있습니다.
3월 10일 — 신고와 명세서 제출
3월 10일은 두 가지가 겹치는 날입니다.
- 원천세 신고·납부: 2월 급여에서 정산한 세금을 다른 원천세와 함께 신고·납부합니다(「소득세법」 제128조 제1항). 반기 납부 승인을 받은 사업장은 납부 시기가 다르므로 따로 확인합니다(같은 조 제2항).
- 근로소득 지급명세서 제출: 직원별 1년 급여와 정산 내용을 세무서에 제출합니다(「소득세법」 제164조 제1항). 퇴직소득과 원천징수대상 사업소득 지급명세서도 같은 날까지입니다.
지급명세서를 기한까지 내지 않으면 **제출하지 않은 지급금액의 1%**가 가산세로 붙습니다. 기한이 지난 뒤 3개월 안에 내면 0.5%입니다. 내용이 사실과 다르게 적힌 부분도 1% 가산세 대상입니다(「소득세법」 제81조의11 제1항).
세금을 다 냈어도 명세서가 빠지면 가산세가 따로 붙는다는 점을 기억해 두세요.
다원의 시각
연말정산에서 담당자가 가장 힘든 일은 계산이 아니라 직원에게 자료를 받아 내는 일입니다. 공제신고서를 늦게 내는 직원 한두 명 때문에 회사 전체 일정이 밀리는 경우가 많습니다.
그래서 1월 초 안내문에 회사 내부 마감일을 2월 급여일보다 넉넉히 앞당겨 적어 두시길 권합니다. 법이 정한 기한은 2월 급여를 받기 전이지만, 정산 결과를 확인하고 고칠 시간이 있어야 2월 급여를 제때 줄 수 있습니다.
또 하나는 정산 뒤 수정입니다. 부양가족을 잘못 올렸거나 자료를 빠뜨린 것이 나중에 확인되면 지급명세서를 다시 내야 하고, 직원은 5월 종합소득세 신고로 바로잡아야 할 수 있습니다. 2월 결과표를 직원에게 보여 주고 확인을 받는 절차를 두면 이런 일을 줄일 수 있습니다.
| 기준일 | 2026년 10월 22일 |
|---|---|
| 시행상태 | 현행 세법 기준입니다. 연말정산 시기·지급명세서 제출 기한·분납 규정은 2026년 10월 현재 시행 중인 「소득세법」(2026.7.1. 시행판)과 같은 법 시행령(2026.10.1. 시행판)에 따른 것입니다. |
| 근거 | 「소득세법」 제81조의11 제1항, 제128조 제1항·제2항, 제134조 제2항, 제137조 제1항~제4항, 제140조 제1항, 제164조 제1항, 제165조 제1항·제2항, 같은 법 시행령 제201조 |
| 주의 | 2026년 귀속 연말정산의 공제 항목·한도는 연말 세법 개정에 따라 달라질 수 있어, 1월 안내 전에 다시 확인합니다. 간소화 자료 개통일은 국세청 공지에 따릅니다. 직원별 공제 적용 여부와 가산세 금액은 개별 사실관계에 따라 달라집니다. |
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직원 안내문 작성, 공제자료 수집·검토, 정산과 환급·추가 납부 처리, 3월 10일 신고와 지급명세서 제출까지 순서대로 진행해 드립니다.
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자주 묻는 질문
직원이 공제신고서를 끝까지 안 내면 어떻게 되나요? 본인 기본공제와 표준세액공제만 적용해 정산합니다. 직원이 빠뜨린 공제는 5월 종합소득세 신고 때 직원이 직접 반영할 수 있습니다.
환급금은 회사 돈으로 먼저 주는 건가요? 회사가 그달 내야 할 원천세에서 빼고 내는 방식으로 처리합니다. 돌려줄 금액이 낼 원천세보다 많으면 남는 부분은 세무서에 환급을 신청합니다.
추가 납부액이 많이 나온 직원은 한 번에 다 떼야 하나요? 10만원을 넘으면 2월부터 4월까지 급여에서 나누어 뗄 수 있습니다.
작년에 퇴사한 직원도 회사가 연말정산을 해 주나요? 퇴사한 달의 급여를 줄 때 이미 정산했습니다. 그 뒤 다른 곳에 취업하지 않았다면 빠진 공제는 직원이 5월 종합소득세 신고로 반영합니다.
지급명세서를 3월 10일을 넘겨 냈어요. 어떻게 해야 하나요? 가능한 한 빨리 제출하시는 것이 좋습니다. 기한이 지난 뒤 3개월 안에 내면 가산세가 지급금액의 1%에서 0.5%로 줄어듭니다.
이고은 대표세무사
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